A Gruta mais antiga e mais visitada é a Gruta da Água de Milagres, que também é conhecida por dois outros nomes. Cada nome possui significados ligados ao local que é subterrâneo e possui cerca de 100 metros de comprimento. Ela é chamada de Água de Milagres, porque há um espaço em que brota uma água considerada milagrosa pelos romeiros, que chegam a levar garrafas para recolher o líquido e levar para casa. Já o nome Mártires, deriva da semelhança do espaço com as antigas catacumbas romanas onde mártires da Igreja foram enterrados. E por ter uma imagem de São Judas Tadeu no local, o santo das causas impossíveis, ela também é chamada de Gruta de São Judas Tadeu.
