A Gruta que é capela do Santíssimo Sacramento desde 1983, está logo na entrada do Santuário do Bom Jesus da Lapa, à direita. Ela possui 15 metros de comprimento e 4 metros de largura. O ambiente é um convite à oração e ao silêncio. Os vitrais, ao fundo do sacrário, embelezam ainda mais o espaço natural, principalmente por conta do reflexo do sol.
O Sacrário da Gruta possui formato piramidal e pesa 980 kg, confeccionado em Vitória da Conquista. Ele guarda o tesouro mais precioso do Santuário, O Bom Jesus no Santíssimo Sacramento. Por isso, é um lugar de adoração e descanso da alma para romeiros e lapenses, onde muitos fazem orações.
Na Gruta também está a imagem do Divino Pai Eterno, doada pelos Missionários Redentoristas do Santuário Básilica, de Trindade-GO. Também há uma imagem de Nossa Senhora Mãe e Rainha Três Vezes Admirável de Schoensttat e de Santa Teresinha, esta última, no alto, de frente para o Sacrário.
Ao passar pela capela do Santíssimo, faça seu gesto de adoração e amor, reze ao Bom Jesus e deixe suas preces.
