A venerada Imagem de Cristo Crucificado, sob o título de Bom Jesus, ficou exposta dentro da gruta atraindo a todos que passavam por perto. O culto ao Senhor Bom Jesus, que morreu na cruz pela nossa salvação, começou a conquistar os corações, até dos intrépidos bandeirantes, caçadores de ouro e conquistadores de terras. Assim, foi descoberto o Santuário do Senhor Bom Jesus, chamado “da Lapa”, pois foi na Gruta onde sua Imagem ficou exposta.
Já citado antes, Euclides da Cunha, revela “…os possuidores do solo, de que são os modelos clássicos, os herdeiros de Antônio Guedes de Brito, eram ciosos de dilatados latifúndios, sem raias, avassalando a terra. A custo toleravam a intervenção da própria metrópole. A ereção de capelas ou paróquias, em suas terras fazia-se sempre através de controvérsias com os padres e, embora estes afinal ganhassem a partida, caiam de algum modo sob o domínio dos grandes. Estes dificultavam a entrada de novos povoadores ou concorrentes e tornavam as fazendas de criação dispersas em torno das freguesias recém-formadas, poderosos centros de atração à raça mestiça que delas promanava: Assim, esta se desenvolveu fora do influxo de outros elementos… adquirindo uma fisionomia original. Como que se criaram num país diverso…”.
Francisco de Mendonça Mar, pelo modo de vida que escolheu e com o apostolado que desenvolveu, não caiu sob o domínio, nem numa dependência dos grandes, mas sim criou uma entidade autônoma, independente dos poderosos deste mundo, recebendo direto do Rei de Portugal a doação de terras para o Santuário. Esse gesto lhe proporcionou isenções de qualquer ingerência e colocou no nível de donatário da coroa. Foi por isso que o Santuário do Bom Jesus da Lapa nunca em sua história pertenceu a algum proprietário de latifúndios. Era isento, embora as terras dele ao longo da história, aos poucos, fossem roubadas e, até mesmo o próprio Morro, mutilado e invadido à força pelos caciques locais, que após 300 anos estão se perguntando: “E a escritura? O Santuário será que tem a escritura da prefeitura municipal?”.
Francisco vivia humildemente da pesca e de pequena horta. Tornou-se conhecido pela sua bondade. Todos o admiravam. Ele se ocultou, mas o Bom Jesus o revelou, pois os viandantes que regressavam à Bahia eram portadores da notícia de que no coração do sertão, em uma linda gruta de um morro à margem do Rio São Francisco, morava o Monge da Gruta, um homem que realizava um apostolado fecundo pregando o Evangelho do Bom Jesus.
Estas notícias chegaram aos ouvidos do Arcebispo da Bahia, dom Sebastião Monteiro da Vide. Este, em 1702, enviou um Visitador Geral que constatou serem verdadeiras todas as notícias sobre o culto do Senhor Bom Jesus e sobre a vida exemplar do Monge. Levou, portanto, informação favorável, quer do bom espírito que animava o Monge, quer do lugar em que a Santa Imagem de Cristo Crucificado era venerada por grande número de pessoas. Alí, os sacerdotes, na sua passagem, já celebravam a Santa Missa, pois havia todos os paramentos necessários para o culto.
O Visitador Geral, vendo que o culto ao Bom Jesus florescia e já existia romaria, embora pequena, erigiu aquele templo que a natureza havia fabricado, em capela ou igreja, com o título de SENHOR BOM JESUS e de NOSSA SENHORA DA SOLEDADE.
